В настоящее время центр работает в составе 5 отделов: отдела научно-методического сопровождения и мониторинга процессов развития образования, отдела образовательных услуг, отдела информационного сопровождения и организационно-методической деятельности, отдела мониторинга качества образования и отдела по работе с одаренными детьми. Возглавляют отделы заведующие.

Научно-методический центр координирует работу многоуровневой муниципальной  методической службы в состав которой входят: Совет директоров, совет заместителей директоров, городской методический совет, городские и районные методические объединения педагогических работников.

В МБОУ ДПО «НМЦ» функционирует учебно-методический совет, на его базе работает научно-методический совет, открыты 19 опорных методических и 8 инновационных площадок.

МБОУ ДПО «НМЦ» является инновационной площадкой ГБОУ ДПО ПК(С) КРИПКиПРО по теме «Модель подготовки педагогических и руководящих работников к профессиональной деятельности в условиях стандартизации», активно работает в сетевом сообществе муниципальных методических служб России.

Приказ об утверждении положений о советах

Положение о научно-методическом совете

Положение о педагогическом совете

Положения об отделах:

Отдел научно-методического сопровождения и мониторинга качества образования

Отдел психолого-педагогического, методического сопровождения и общего образования

Отдел информационного сопровождения и организационно-методической деятельности

Отдел сопровождения инновационно-проектной деятельности